昭和２５年、仁科芳雄博士の尽力により米国からアイソトープが輸入され、科学技術の進歩や産業経済の振興に寄与することとなりました。
　その後、利用分野は拡大し、使用量も急速に増加する気運となりました。
　このような状況のもとで、使用者の便宜を図るための一括輸入と配分業務、さらに安全取扱いのための技術訓練、利用者相互の連絡活動などを行う機関が必要となりました。
　ここに、アイソトープ使用者、研究者自身の団体として、昭和２６年、当協会が設立されました。
　昭和２９年、社団法人に発展的に改組され、現在に至っています。
　
昭和２６年「日本放射性同位元素協会」、任意団体として創立（５月１日）
第１回放射性同位元素講習会開催
アイソトープの輸入、頒布開始
昭和２８年医療用大量線源輸入開始
昭和２９年社団法人に改組（５月１日）
昭和３５年放射性医薬品の頒布開始
アイソトープ廃棄物の集荷開始
昭和３９年第１回理工学における同位元素研究発表会開催
昭和４６年名称を「日本アイソトープ協会」に改称（８月１日）
昭和５６年放射線照射施設「甲賀研究所」完成
昭和６２年医療アイソトープ廃棄物処理施設「茅記念滝沢研究所」完成
平成元年展示施設「武見記念館」完成
平成２年ポジトロン核医学、ＰＩＸＥ分析施設「仁科記念サイクロトロンセンター」完成